1987年，王軍被通化葡萄酒廠任命研究室副主任，主持科研業務工作，同年在吉林省食品工業協會主辦的露酒評委委員的招考中，被聘為省露酒評委；1988年，開發的低醇葡萄酒被評為全國輕工業優秀新產品；l989年，開發的半甜紅葡萄酒獲吉林省科技進步二等獎；1991年，研制開發了山楂果茶、鮮祧果茶、以及紅孩兒系列果奶飲品。

　　1992年2月，王軍擔任公司技術副經理，分管研究所、化驗中心、質量檢查科、包裝裝潢科、葡萄園藝場幾個部門，負責公司的新產品開發，質量管理等技術工作。1993年，開發了白蘭地產品——大元帥白蘭地。

　　1997年，公司由國有企業改制為股份制公司，王軍被任命公司副總經理，重點抓產品開發、原料基地及技術管理等工作。在這一年開發了吉林省的重點科研項目——山葡萄干紅的研制，通化干紅葡萄酒成為市場上的搶手貨。而在這之前，王軍歷經了9年的艱苦工作，帶領葡萄園藝場的一班人，成功地從野生山葡萄品系中選育出適宜家植的抗霜霉病的優良釀酒品種“雙紅”山葡萄；并在這一年通過了農業部的鑒定，超強的抗病特征、豐富的酚類物質含量、獨特的感官表現以及豐滿的酒體結構使雙紅成為史上最優秀的釀酒山葡萄品種之一，目前該品種在東北廣泛栽植，每年成為國內各大廠家搶購的對象。

　　1998年，通化葡萄酒廠開發了爽口山葡萄酒，得到了市場的認可和廣大消費者的贊譽，單品的年銷售量達到4800噸，成為近幾年起泡葡萄酒市場的成功拓展案例，并掀起了全國葡萄酒行業的“爽口”潮流。1999年，根據市場的的變化和公司原料基地的特點開發了通化解百納干紅葡萄酒、赤霞珠千紅葡萄酒、霞多麗干白葡萄酒等品種，豐富了產品結構，擴大了市場。為下一步公司的上市提供了產品基礎。

　　2001年，王軍所在公司在上海證券交易所成功上市，公司的經營和發展上了一個新的臺階，進入新的發展時期。此時王軍被任命為公司總經理，協助董事長抓好公司的經營生產等管理工作。在此工作期間，先后多次到法國、意大利等歐洲國家以及美國的加州NAPA谷學習國外先進的葡萄酒釀造技術和釀酒理念，拓展了視野、收獲了技藝；對王軍的釀酒人生可以說是獲益匪淺。這期間王軍先后在國內行業刊物上發表了“不同封口方式對產品穩定性的影響”、“病酒的快速診斷”、“高端甜酒發酵中揮發酸的控制”、“加快冰酒標準的建設、促進冰酒行業健康發展”以及工廠實用型的學術報告。參與了國家原產地標準“通化山葡萄酒”的起草以及行業山葡萄酒標準的修訂。研制開發的產品獲得各項獎勵。多年來，王軍一直把打造最高端，最優秀的甜型酒確立研發目標。從20世紀的90年代開始，就在不停地探索高端甜型酒——冰葡萄酒的葡萄種植、采摘、加工以及生產工藝的可行性。研究引進葡萄品種的適應性和本土葡萄生產冰酒的可操作性。通過多年摸索，終于在2002年研制開發并成功上市了通化雅仕樽冰酒。成為最早在國內將冰酒推向市場的廠家之一，并且在2006年獲得了有葡萄酒奧斯卡之稱的國際烈酒、葡萄酒挑戰賽(IWC)銀獎，也是此次比賽唯一獲獎的冰酒產品。

　　2004年新華聯集團控股通化葡萄酒股份有限公司，王軍被任命為技術總監。之前，伴隨著日趨激烈的市場競爭，企業要走出低谷和困境，唯一的出路就是開發新產品。王軍站在改革的前沿，審時度勢，制定了每種新產品的風格定位、配方策略、輔料配制、穩定性處理等創新的開發思路，推出高檔山葡萄甜酒——國宴1959特制山葡萄酒、1992解百納干紅、1994解百納干紅以及高級干紅2000等16種新產品。2005年，王軍被新華聯集團授予“創新進步獎”。其中研制開發的國宴1959特制山葡萄酒在2006年獲得了有葡萄酒奧斯卡之稱的國際烈酒、葡萄酒挑戰賽(IWC)金獎，最重要的它也是IWC自成立以來首次榮獲金獎的非歐洲品種的葡萄酒。

　　1987年，王軍被通化葡萄酒廠任命研究室副主任；

　　1992年2月，王軍擔任通化葡萄酒廠技術副經理；

　　1997年，通化葡萄酒廠由國有企業改制為股份制公司，王至被任命副總經理；

　　2001年，王軍被任命為總經理；

　　2004年，新華聯集團控股通化葡萄酒股份有限公司，被任命為技術總監。